Pe măsură ce ştiinţele se emancipează de sub tutela filozofiei, constituindu-se ca discipline autonome, relaţia dintre filozofie şi ştiinţă devine ea însăşi o problemă filozofică. Supoziţiile şi concluziile cele mai generale ale cunoaşterii ştiinţifice sînt în esenţă de natură filozofică. intr-un fel, de multe on· neaparent, ştiinţa începe în filozofie şi se varsă în filozofie. Cum spunea mai demult un autor român, filozofia, în una din ipQstazele ei, poate fi caracterizată ca o analiză a primelor supoziţii şi a ultimelor consecinţe ale cunoaşterii ştiinţifice. Rejlecţia asupra întemeierii cunoştinţelor pozitive, asupra întinderii şi valorii lor prezintă în egală măsură interes ştiinţific şi filozofic. Au întreprins-o, cu deosebire în ultimul secol, chiar dacă din puncte de vedere distincte şi cu interese diferite, atît mari creatori de ştiinţă, cît şi filozofi. Dacă prezenţa orizontului filozofic a fost o permanenţă în momentele de schimbăn" radicale din istoria ştiinţei, în ştiinţa contemporană asistăm la o mai profundă şi constructivă participare a filozofi cu lui în constituirea marilor direcţii şi programe de cercetare teoretică. 

Aşa cum scria Heidegger, marii creatori ai fizicii atomice, Niels Bohr şi Werner Heisenberg, au reuşit să revoluţioneze ştiinţa "numai întrucît au gîndit ca filozofi, deschizînd noi căi pentru formularea problemelor ... Sporirea gradului de abstracţie şi instrumentalizare al ştiinţei actuale, comp/icarea legăturilor ei cu experienţa şi realitatea au determinat implicarea mai directă a filozofiei în interpretarea demersurilor şi a rezultatelor cunoaşterii teoretice. Filozofia ştiinţei s-a transformat treptat într-un domeniu special de cercetare, care explorează cu metode logice, istorice, psiho-sociologice, sistemic-informaţionale teme cum ar fi natura şi specificul raţionalităţii ştiinţifice, demersuri le de constituire a principalelor forme de organizare a cunoaşterii ştiinţifice, structura lor internă, precum şi mecanismele schimbării ştiinţifice, direcţia şi sensul dezvoltării iston'ce a cunoaşterii pozitive, relaţia complexă şi subtilă între standardele epistemice şi valorile fundamentale ale culturii.